Program Studi Aqidah dan Filsafat Islam UIN Salatiga berdiri sejak tahun 2015 berdasarkan SK Direktur Jenderal Pendidikan Islam No. 543 tahun 2015 tanggal 28 Januari tahun 2015. Prodi ini mulai menerima mahasiswa barupada tahun akademik 2015/2016.
Kurikulum Prodi AFI sudah mengalami tiga kali review kurikulum. Ada dua sebab yang mengharuskan review kurikulum ini. Pertama, perubahan nomenklatur nama Program Studi yang awalnya adalah Filsafat Agama (FA) menjadi Aqidah dan Filsafat Islam (AFI). Kedua, adanya keharusan untuk menyelaraskan kurikulum lama dengan kurikulum prodi yang berbasis KKNI (Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia) dan SNPT (Standar Nasional perguruan Tinggi). Ketiga, berubahnya status dari IAIN Salatiga menjadi UIN Salatiga.
Prodi AFI didukung oleh SDM yang memiliki keahlian di bidang Aqidah dan Filsafat Islam dengan dipimpin oleh seorang Ketua Prodi. Sistem Tata Pamong Program Studi Aqidah dan Filsafat Islam UIN Salatiga mengacupada beberapa peraturan perundangan yang berlaku, antara lain Peraturan Menteri agama RI Nomor 79 Tahun 2022 tentang Organisasi dan Tata Kerja UIN Salatiga dan Keputusan Menteri Agama Nomor 86 Tahun 2022 tentang Statuta UIN Salatiga. Pelaksanaan sistem Tata Pamong di Program Studi Aqidah dan Filsafat Islam yang kredibel, transparan, akuntabel dan bertanggungjawab, serta berkeadilan menyelaraskan dengan visi, misi dan tujuan program studi, Statuta UIN dan rencana strategis program studi dan tingkat institusi.